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全自動微量元素分析儀采用先進的分析技術，根據不同的儀器類型和方法原理，對樣品中的微量元素進行定量分析。以常用的原子吸收光譜法（AAS）為例，其工作原理為：樣品經過預處理后，噴入氣體燃燒器中，將樣品中的元素原子化。然后，通過元素特定的吸收線對元素進行定量測量，根據吸收光強的變化確定元素濃度。
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