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隨著信息技術(shù)的蓬勃發(fā)展,數(shù)字化與智能化的浪潮正席卷而來,算力滲透進(jìn)各行各業(yè),成為推動社會進(jìn)步與產(chǎn)業(yè)升級的重要引擎,悄然引領(lǐng)著潮水的方向。
2024年的政府工作報告中強調(diào)要“堅持教育強國、科技強國、人才強國建設(shè)一體統(tǒng)籌推進(jìn)”“加快推動高水平科技自立自強”。作為基礎(chǔ)研究的主力軍和重大科技突破的策源地,高校需構(gòu)筑算力基座,以算力賦能科研與人才涌動。而高性能計算(HPC)系統(tǒng)正是實現(xiàn)這一目標(biāo)的重要力量。
科學(xué)研究往往伴隨著海量數(shù)據(jù)的產(chǎn)生,特別是在生物學(xué)、物理學(xué)、天文學(xué)等領(lǐng)域。高性能計算(HPC)系統(tǒng)可以在紛繁的數(shù)據(jù)和復(fù)雜的模擬中,縮短數(shù)據(jù)的計算時間,提高計算精度,同時借助英特爾至強可擴(kuò)展處理器,推動科學(xué)研究的深入探索與發(fā)展。浙江大學(xué)生命演化研究中心的科研實踐,就是聯(lián)想HPC系統(tǒng)賦能科研創(chuàng)新最為生動的注腳之一。
穩(wěn)定高效,破解科研算力瓶頸
遠(yuǎn)到探尋遠(yuǎn)古猿類的演化,近到揭示個體生命的基因秘密……浙江大學(xué)生命演化研究中心聚焦于生命演化領(lǐng)域前沿基礎(chǔ)研究,致力于回答物種與生物性狀多樣性的來源及產(chǎn)生機(jī)制并探尋復(fù)雜生命現(xiàn)象背后深層的演化規(guī)律。
在浙江大學(xué)生命演化研究中心,計算機(jī)系統(tǒng)內(nèi)置了豐富的高效精準(zhǔn)的科研工具,比如構(gòu)建進(jìn)化樹的IQ-Tree、基因組重復(fù)序列檢測工具RepeatMasker、基因組結(jié)構(gòu)注釋軟件BRAKER、全基因組比對軟件CACTUS等。一系列工具的使用能夠讓科研工作者集成、分析和可視化大量數(shù)據(jù)集,而這也意味著需要非常強大的IT基礎(chǔ)設(shè)施才能高效運行。
隨著科研項目的多元化與數(shù)據(jù)量的增加,浙江大學(xué)生命演化研究中心對算力與存儲空間的需求日益迫切,中心秘書何韻秋說:“我們管理著大約10拍字節(jié)(PB)的數(shù)據(jù),但這個數(shù)字正在快速增長?!?/p>
接踵而來的是計算瓶頸的時有發(fā)生。何韻秋表示,受制于硬件性能,他們訪問數(shù)據(jù)的時間在拉長,“數(shù)據(jù)計算完了,但寫入和讀取的過程會耗費大量時間去等待,造成時間成本的浪費”。
為確??蒲许椖康捻樌M(jìn)行,升級HPC系統(tǒng)尤為重要。研究中心與聯(lián)想合作,部署了新的HPC環(huán)境,包括56臺并行計算的聯(lián)想ThinkSystem SR630 V3 服務(wù)器、4臺大內(nèi)存的聯(lián)想ThinkSystem SR850 V3系統(tǒng),搭配15PB容量的DSS-G存儲平臺,形成了穩(wěn)定、高效、可擴(kuò)展的計算環(huán)境。
60GB/s的出色帶寬,以及采用第四代英特爾至強可擴(kuò)展處理器,助力眾多內(nèi)置加速性能更進(jìn)一步,讓科研工作者更快地檢索數(shù)據(jù),在運行專門的分析應(yīng)用程序時獲得更短的響應(yīng)時間,迅速完成大量數(shù)據(jù)的輸入輸出和分析,加快大規(guī)模、高復(fù)雜度的研究項目進(jìn)程。
在具體的科研過程中,數(shù)據(jù)處理任務(wù)往往耗時冗長,需歷經(jīng)數(shù)周乃至數(shù)月方可完成。在此期間,計算機(jī)系統(tǒng)需持續(xù)不斷地運行,因此,確保基礎(chǔ)設(shè)施具備高度的穩(wěn)定性十分重要?!拔覀円呀?jīng)運行聯(lián)想HPC環(huán)境數(shù)千個小時,沒有發(fā)生任何事故,實現(xiàn)了99.9999%的數(shù)據(jù)可用性,提高了研究人員和學(xué)生的科研效率?!焙雾嵡镎f道。
聯(lián)想HPC系統(tǒng)以高帶寬、高可靠、高算力的特點,為高??蒲屑芷鹚懔Ω呒軜?,使科研工作者得到一定程度的“解放”,能更專注于科研本身,而非受限于技術(shù)問題。
算力驅(qū)動,科研更進(jìn)一步
新科技革命呼嘯而至。算力,到底能在多大程度推動科研更進(jìn)一步?在浙江大學(xué)生命演化研究中心近日發(fā)布的研究成果“科階元基因組揭示鳥類演化復(fù)雜性”中,我們或許可以找到答案。
自達(dá)爾文提出共同祖先理論和自然選擇學(xué)說后,鳥類的起源、演化,不同鳥類之間的關(guān)系,始終是科學(xué)家們關(guān)注的問題。科研工作者使用的數(shù)據(jù)樣本不夠齊全,往往導(dǎo)致研究缺乏一定準(zhǔn)確性。
浙江大學(xué)生命演化研究中心的教授張國捷聯(lián)合國內(nèi)外學(xué)者發(fā)起了萬種鳥類基因組計劃,并發(fā)布了第二階段關(guān)于鳥類生命之樹的研究成果。該研究以363種鳥類的全基因組比對數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),研究團(tuán)隊分析了近千億個堿基,并對得到的63430個1千字節(jié)(kb)基因區(qū)間對比序列進(jìn)行推演、比較。
參與科研項目的博士研究生謝宇龍稱,2008年國外團(tuán)隊相關(guān)研究涉及的鳥類物種是169種,數(shù)據(jù)量為32千字節(jié)(K byte),相比于鳥類約1G的基因組覆蓋率非常低。如今,他們涉及的鳥類物種多達(dá)363個,實現(xiàn)了全基因覆蓋,數(shù)據(jù)量為63兆字節(jié)(M byte),增加了近2000倍。
僅從數(shù)據(jù)上看,技術(shù)的更迭,尤其是算力的驅(qū)動,在不斷深鑿著科研的邊界,推動生物科學(xué)領(lǐng)域滾滾向前、不斷突破。毫無疑問,聯(lián)想HPC系統(tǒng)功不可沒,為科研路徑、科研效率帶來了實質(zhì)助力?!爸挥性谧銐虻乃懔χС窒拢覀儾拍芴崛〉接行?shù)據(jù),才能完成如此龐大、復(fù)雜的數(shù)據(jù)分析。”謝宇龍感慨道。
此次研究的開創(chuàng)性并未止于充足有效的數(shù)據(jù)量,更在于其重構(gòu)并革新了現(xiàn)生鳥類的系統(tǒng)發(fā)育樹,厘清了現(xiàn)生鳥類各類群之間的關(guān)系,提供了一套新的鳥類分類劃分方案,解決了鳥類類群關(guān)系長達(dá)一個多世紀(jì)的爭議,為正確理解鳥類物種演化及復(fù)雜性狀演化提供了堅實基礎(chǔ),將改寫教科書對鳥類類群的分類和關(guān)系論述。
“以大眾熟知的火烈鳥為例。在過去,火烈鳥的定位十分模糊,曾按形態(tài)被科研工作者將其與鶴歸為一類,后又有研究認(rèn)為其與鴿類的關(guān)系較近。在廣泛、精準(zhǔn)地數(shù)據(jù)分析基礎(chǔ)上,研究團(tuán)隊發(fā)現(xiàn),火烈鳥其實是一種非常古老的鳥類,與??(pì tī)共同組成了最古老的新鳥大類——奇跡鳥類?!?/p>
研究結(jié)果進(jìn)一步支持,大量的新鳥類群經(jīng)歷的快速的輻射性演化發(fā)生于白堊紀(jì)-古近紀(jì)物種大滅絕事件界線后這一結(jié)論。謝宇龍補充,假若其他動物種群亦在同一歷史時期經(jīng)歷了顯著的增長或進(jìn)化大爆發(fā),科學(xué)家便能借此契機(jī),系統(tǒng)性地探究引發(fā)此類大爆發(fā)的具體條件與機(jī)制。屆時,需要更為完善、精進(jìn)的技術(shù)支撐,為科研帶來更多創(chuàng)新可能。
算力賦能,拔尖創(chuàng)新人才涌現(xiàn)
高校是拔尖創(chuàng)新人才培育的重要陣地。如何將發(fā)展科技第一生產(chǎn)力、培養(yǎng)人才第一資源、增強創(chuàng)新第一動力更好地結(jié)合,以最大化地促進(jìn)科技創(chuàng)新與人才培養(yǎng)的協(xié)同發(fā)展,是當(dāng)下高??蒲兄行呢巾毶钊胨伎寂c探索的重要問題。
浙江大學(xué)生命演化研究中心以學(xué)科交叉融合為“催化劑”,融合生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、信息科技等學(xué)科,致力于培育新一代擁有演化視角的綜合型人才。參與科研工作的學(xué)生,不僅要深耕生命科學(xué)的理論,理解計算模型背后的數(shù)學(xué)原理,還需要熟悉、了解計算機(jī)相關(guān)知識?!安粌H提升了專業(yè)能力,也拓寬了學(xué)術(shù)視野”,謝宇龍說道。
值得一提的是,聯(lián)想高性能計算(HPC)系統(tǒng)的引入,為教學(xué)環(huán)境帶來了革命性的優(yōu)化,以澎湃算力加速學(xué)科交叉融合,推動拔尖創(chuàng)新人才不斷涌現(xiàn)。學(xué)生們在科研探索中得以享受高性能算力的強大支撐,這不僅加速了他們對先進(jìn)工具和技能的掌握,還促使他們在實踐中不斷汲取多學(xué)科知識,培養(yǎng)出獨特的創(chuàng)新思維與演化思維,逐步成長為適應(yīng)未來挑戰(zhàn)的復(fù)合型人才。
當(dāng)這些具備演化思維的拔尖創(chuàng)新人才不斷涌入生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)的其他細(xì)分領(lǐng)域時,他們將引領(lǐng)該領(lǐng)域的專家學(xué)者從全新的演化視角審視人類疾病的起源、演化過程和對健康的深遠(yuǎn)影響,進(jìn)而激發(fā)科研領(lǐng)域的全新突破與創(chuàng)新。
科技賦能時代,算力引領(lǐng)未來。作為全球領(lǐng)先的算力服務(wù)提供商之一,聯(lián)想與浙江大學(xué)等高校合作共創(chuàng),致力于通過構(gòu)筑堅實算力底座,推動教育與科研發(fā)展,通過高性能計算應(yīng)用,強化科研攻關(guān),為建設(shè)教育強國和創(chuàng)新型國家注入全新動能。
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