1. 變性（Denaturation）

在高溫（通常為94-98°C）下，DNA雙鏈的氫鍵被破壞，雙鏈解開為兩條單鏈。這一步驟使DNA模板的序列得以暴露，為后續(xù)的擴增做好準備。

2. 退火（Annealing）

溫度降低至50-65°C，引物與單鏈DNA模板的互補序列結(jié)合。引物是一小段具有特定堿基序列的短鏈DNA，其設(shè)計與目標DNA片段的起始和終止位置相匹配，從而確保擴增的特異性。

3. 延伸（Extension）

溫度升高至72°C左右，在Taq DNA聚合酶的作用下，以dNTP（脫氧核苷三磷酸）為原料，從引物的3端開始，按照堿基互補配對原則合成新的DNA鏈。每完成一個循環(huán)，DNA拷貝數(shù)增加一倍，經(jīng)過25-40個循環(huán)后，目標DNA片段可被擴增數(shù)百萬倍。